استفاده از قابلیتهای بلوتوثی S Pen گلکسی نوت ۹ در اپلیکیشنهای جانبی نیز ممکن میشود
سامسونگ پس از عرضهی گلکسی نوت 9 اعلام کرد قلم S Pen تنها با برنامههای عرضهشدهی سامسونگ سازگار است. اما ویژگی ریموت کنترل S Pen برای سایر برنامهها نیز عرضه خواهد شد.